Den ämnesindelade handskriftssamlingen
Den ämnesindelade handskriftssamlingen består av enskilda handskrifter som kommit till biblioteket sedan dess grundande 1620.
Samlingen är ordnad efter ämne enligt följande klassifikation.
• A Matematik, mekanik, fysik, astronomi Katalog
• B Juridik Katalog 1-100, Katalog 101-115, Katalog 116-135, Katalog 136-200, Katalog 201-226, Katalog 227-240, Katalog 241-500
• C Medeltida handskrifter Katalog
• D Naturalhistoria, medicin, kemi, teknologi, ekonomi Katalog - här bland annat manuskript av Linné
• E Sveriges historia till 1697 Katalog
• F Sveriges historia efter 1697 (utom F 410-F 531a) Katalog, särskild katalog över Gustavianska samlingen (F 410-F 531a)
• G Brevväxlingar Katalog (se även Brevsamlingar)
• Gr Grekiska handskrifter
• H Allmän och utländsk historia med mera Katalog - här även utländsk biografi
• K Svensk kyrkohistoria och kyrkorätt Katalog
• L Svensk statskunskap, nationalekonomi, bergshantering, handel och samfärdsel, mynt, mått och vikt, civilförvaltning, försvarsväsen, med mera Katalog
• O Orientaliska handskrifter
• P Filosofi Katalog
• Q Efterlämnade papper Katalog (se även Arkiv)
• R Språkvetenskap - här bland annat P. A. Säves Gotländska samlingar Katalog
• S Sveriges och Finlands geografi och topografi Katalog
• Slav Slaviska handskrifter
• T Teologi Katalog
• U Svensk undervisningshistoria, litteraturhistoria och bibliografi - här bland annat studentnationers och akademiska föreningars arkiv Katalog 1-499, Katalog 500-1299, Katalog 1300-3650
• V Vitterhet - bland annat enstaka litterära manuskript Katalog (se även Arkiv)
• X Svensk genealogi och biografi - här bland annat släktarkiv som Almquist, Bielke, Cederström, Drake af Hagelsrum, Henschen, Nauckhoff, Oxenstierna af Eka och Lindö, Posse, Rosenhane, Spens, Tersmeden-Eketrä samt Gahm Perssons biografiska samlingar. Katalog Här även Sven Bloms dagböcker från Västfronten 1914 och svenskars resor utomlands, bl.a. handlingar från Ostindiska kompaniet
• Y-Z Autografer, svenska och utländska - egenhändiga handskrifter, stamböcker, almanacksanteckningar, numismatik, konsthistoria, musikhistoria Katalog (se även Autografsamlingar)