Den består av enskilda handskrifter som kommit till biblioteket sedan dess grundande 1620 och är ordnad efter ämne enligt följande klassifikation
- A Matematik, mekanik, fysik, astronomi
- B Juridik
- C Medeltida handskrifter
- D Naturalhistoria, medicin, kemi, teknologi, ekonomi - här bland annat manuskript av Linné
- E Sveriges historia intill 1697
- F Sveriges historia efter 1697 - här bland annat Gustav III:s efterlämnade papper
- G Brevväxlingar (se även Brevsamlingar)
- Gr Grekiska handskrifter
- H Allmän och utländsk historia med mera
- K Svensk kyrkohistoria och kyrkorätt
- L Svensk statskunskap, nationalekonomi, bergshantering, handel och samfärdsel, mynt, mått och vikt, civilförvaltning, försvarsväsen, med mera
- O Orientaliska handskrifter
- P Filosofi
- Q Efterlämnade papper (se även Enskilda arkiv)
- R Språkvetenskap - här bland annat P. A. Säves Gotländska samlingar
- S Sveriges och Finlands geografi och topografi
- Slav Slaviska handskrifter
- T Teologi
- U Svensk undervisningshistoria, litteraturhistoria och bibliografi - här bland annat studentnationers och akademiska föreningars arkiv
- V Vitterhet - bland annat enstaka litterära manuskript (se även Enskilda arkiv)
- X Svensk genealogi och biografi - här bland annat släktarkiv som Almquist, Bielke, Cederström, Drake af Hagelsrum, Henschen, Nauckhoff, Oxenstierna af Eka och Lindö, Posse, Rosenhane, Spens, Tersmeden-Eketrä samt Gahm Perssons biografiska samlingar. Här även svenskars resor utomlands
- Y Autografer, svenska och utländska - egenhändiga handskrifter, stamböcker, almanacksanteckningar (se även Autografsamlingar)
- Z Numismatik, konsthistoria, musikhistoria
Handskrifts- och musikenheten kan hjälpa dig med din sökning. Man söker först i det så kallade handskriftsindex och får därifrån en hänvisning till en bunden katalog som ger mer information om innehållet i handskrifterna. Där får man också uppgifter om hyllplacering, så kallat signum.
Beställt material studeras i specialläsesalen.
